Apabila dinasti Song jatuh di empayar China, mereka yang setia kepada maharaja Song kemudian lari ke kerajaan Champa. Mereka merencanakan rancangan untuk menakluki semula empayar China di Champa.
Pada 1270an, Kublai Khan mengasaskan ibu kota dinasti Yuan di Beijing dan menjatuhkan dinasti Song di sebelah selatan China. Menjelang 1280, Kublai Khan menghalakan tumpuan Beijing kepada kerajaan Champa dan kerajaan-kerajaan orang Viet yang kini berada di dalam Vietnam zaman moden.
Pada 1283 M, tentera Mongol dari dinasti Yuan di bawah Jeneral Sogetu (Sagatou atau Sodu) menakluki kerajaan Champa. Negara-kota Vijaya ditakluki selepas kubu Mou-Cheng ditakluki oleh mereka. Walau bagaimanapun, Raja Indravarman V berjaya melepaskan diri ke pergunungan. Walaupun serangan dinasti Yuan itu memberikan kesan kepada kerajaan Champa namun mereka tidak dapat masuk terus kerana masalah haba yang panas, kekurangan bekalan ketenteraan dan sakit akibat cuaca di situ.
Maharaja Tran Thanh Tong dan Maharaja Tran Nhan Tong sama seperti Raja Indravarman V juga enggan menghadirkan diri ke Istana dinasti Yuan di Beijing dan enggan memberikan perisytiharan tunduk kepada Beijing. Mereka juga tidak membenarkan tentera dinasti Yuan melalui Viet Nam.
Oleh itu, penaklukan dinasti Yuan ke atas Champa itu hanya memberikan sedikit kesan sahaja. Pada 1285 M, Komander Togan ditewaskan dan Jeneral Sogetu terbunuh dalam usaha mereka menakluki Dai Viet. Semenjak itu, dinasti Yuan kehilangan ramai pegawai dan tentera ... namun mereka tidak pernah mendapat sebarang keuntungan pun apabila menyerang Viet Nam dan Champa. Namun, pada 6 Oktober 1285 M, Raja Indravarman V pernah menghantar raja duta ke Istana dinasti Yuan di Beijing.
Pemerintah Champa dalam Dinasti Yuan
Che Man
Pada 1307 M, Raja Simhavarman III yang dikenali sebagai Che Man mengasaskan Kuil Po Klong Garai di Panduranga. Po Klong Garai ini adalah seorang raja negara-kota di Panduranga. Selepas kemangkatan, baginda diangkat menjadi dewata pelindung kota.
Raja Simhavarman III turut menukar milik daerah utara Champa dengan Dai Viet bagi mengahwini Puteri Huyen Tran dari Dai Viet. Tidak lama selepas perkahwinan mereka, Raja Simhavarman III pun mangkat. Balu raja tersebut enggan mengikut adat Sati bagi bangsa Ksatria. Oleh itu, baginda pun pulang semula ke negara baginda. Tanah yang ditukar milik oleh Champa dengan Viet Nam itu tidak dikembalikan. Tentera Champa mula menjalankan penjarahan di rantau-rantau bersempadan apabila Dai Viet melemah pada abad ke-14 M.
Che Chi dan Che Anan
Che Chi, anakanda kepada Che Man (Raja Simhavarman III) ditawan oleh Maharaja Tran Anh Tong pada 1312. Baginda mangkat sebagai tahanan perang di Istana Gia Lam. Disebabkan hal ini, kerajaan Champa jatuh menjadi wilayah Viet Nam. Pada 1326, Champa dibebaskan oleh Che Anan dari dinasti Tran. Pada 1320an juga, seorang paderi Fransiscan dari Empayar Romawi Suci bernama Odoric Prodenone melawat kerajaan Champa.
Che Bong Nga - Raja Merah
Che Bong Nga atau Che' Bunga dalam bahasa Melayu ini adalah raja Champa yang terakhir dan yang terkuat pernah dipunyai oleh benua Champa. Baginda memerintah dari 1360 sehingga 1390. Kisah-kisah hikayat di Viet Nam menyebut baginda sebagai Raja Merah.
Che Bong Nga berjaya menyatukan semula rantau Champa yang berpecah belah di bawah pemerintahan baginda. Pada 1372, baginda berjaya mengumpulkan kekuatan dan menyerang Dai Viet. Baginda hampir berjaya menakluki Dai Viet dari lautan.
Tentera Cham menghancurkan kota Thang Long, ibu kota kerajaan Dai Viet pada 1371 dan 1377 M. Kota itu kini berada dalam rantau Hanoi di Viet Nam Utara. Serangan pada 1377 M itu berlaku tidak lama selepas Maharaja Tran Due Tong mangkat selepas menyerang negara-kota Vijaya.
Serangan-serangan Champa pada 1380, 1382 dan 1383 semuanya ditangkis oleh Jeneral Ho Quy Ly dari Dai Viet. Beliau kemudian menjadi pengasas kepada dinasti Ho di Dai Viet. Che Bong Nga hanya berhenti menyerang ibu kota Viet Nam selepas menerima perjanjian gencatan senjata dari musuh. Hal ini menjadi serangan serius terakhir dari Champa terhadap Dai Viet. Serangan yang dilancarkan oleh baginda Che Bong Nga menyebabkan dinasti Tran pupus terus.
Che Bong Nga ini kemungkinan menganut agama Islam kerana nama baginda juga dirujuk dengan nama Islam iaitu Sultan Zainal Abidin. Hal ini berbeza dengan raja-raja Champa sebelum ini yang menganuti ajaran Brahmana.
